発生源の清掃という物理的な攻撃と並行して、化学兵器、すなわち「薬剤」を戦略的に使用することで、チョウバエの駆除はより確実なものとなります。しかし、ただやみくもに殺虫剤を撒くだけでは、十分な効果は得られません。成虫用と幼虫用、それぞれの薬剤の特性を理解し、適切な場所で、適切なタイミングで使うことが重要です。まず、飛んでいる成虫に対しては、市販の「殺虫スプレー（エアゾール剤）」が最も手軽で即効性があります。ピレスロイド系の成分を含むスプレーであれば、直接吹きかければ簡単に駆除できます。チョウバエは動きが鈍いため、比較的狙いやすいでしょう。夜行性である彼らが活動を始める、夜間に使用すると、より多くの成虫を駆除できます。ただし、これはあくまで対症療法であり、発生源を叩かない限り、根本的な解決にはなりません。次に、そして最も重要なのが、発生源である排水溝の中にいる「幼虫と蛹」を駆除するための薬剤です。これには、いくつかの種類があります。一つは、「昆虫成長制御剤（IGR剤）」と呼ばれるタイプの殺虫剤です。これは、幼虫が蛹に、蛹が成虫になる「脱皮」を阻害することで、次世代の発生を断ち切るという、非常に効果的な薬剤です。即効性はありませんが、遅効性で、効果が長期間持続するのが特徴です。粉剤や粒剤、液体タイプなどがあり、排水溝や汚水枡に直接投入して使用します。もう一つが、「有機リン系」などの成分を含む、速効性の高い殺虫剤です。泡で出てくるタイプや、液体タイプがあり、排水溝のヘドロに直接散布することで、そこに潜む幼虫や蛹を直接的に殺虫します。熱湯（60度以上）を排水溝に流し込むという方法も、手軽で効果的な幼虫駆除の方法の一つです。ただし、熱湯は塩ビ製の配管を傷める可能性があるため、使用する際は注意が必要です。これらの幼虫駆除剤は、発生源の清掃を行った「後」に使用することで、取り切れなかった個体や、配管の奥に潜む個体に対しても、とどめを刺すことができます。